主角有馬拓也為一個無所事事的高中生，他父親是歷史學家，卻在研究時失蹤，留下他與繼母兩人相依為命。暑假時主角收到父親寄來的包裹，里面有一個羅盤和三顆水晶珠，以及一封寫著「時間是可逆的，歷史是不可逆的」云...
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